في بداية العهد المملوكي ، تحولت كفرعقا الى منطقة مهجورة يسكنها عدد محدود من الفلاحين الذين نجوا من المجزرة. ويشير المؤرخ الاسلامي المعاصر لتلك الحقبة التاريخية عز الدين بن شداد أن السلطان قلاوون كان يعفو عن بعض الأهالي وخاصة عنصر الفلاحين وذلك من أجل القيام بأعمال الزراعة .
اما ٳدارياً، فقد أصبحت تابعة لنيابة طرابلس المملوكية. و بالرغم من التغيير الديموغرافي الذي لحق بمدينة طرابلس في الزمن المملوكي الا أن هذا التغيير لم يشمل الأماكن الريفية الأورثوذكسية في الكورة وقد أصبحت هذه المناطق مصدر الخضار والزيت لمدينة طرابلس .
وبسبب تطبيق أحكام الشروط العمرية (شروط فرضها الخليفة عمر ابن الخطاب على أهل الذمة من مسيحيين ويهود) من قبل الدولة المملوكية مُنع المسيحيون من أن يجددوا ما خرب أثناء الحرب وفرضت عليهم الجزية بالٳضافة الى تمييز ديني شمل اللباس وآداب الحياة اليومية. فعلى سبيل المثال فرض على الرجال المسيحيين ٳرتداء العمائم ذات اللون الأزرق ومنعوا من ركوب الخيل والبغال أما النساء فقد كانت ﭐزارهن كتاناً أزرق.
لم تكن الطبيعة أقل قسوة على أجدادنا من المماليك فقد ٳنتشر الجراد في المنطقة في سنوات ١٣٠٣ و١٣٧٣ و ١٣٧٤ و ١٣٧٨ و ١٤٠٠ و ١٤٢٢ و ١٤٥٦ و ١٥١٦ و١٥١٩ و أصابها زلزال في سنوات ١٣٣٨ و ١٤٠٣ و١٤١٢ ووصلت الثلوج والبرد القارس ٳلى السواحل في سنوات ١٢٩١ و ١٣٠١ و ١٣١٦ و ١٣٤٥ و ١٣٥٩ و ١٣٩٧ و ١٤٠٧ و ١٥٠٨ وشح المطر في سنة ١٣١٢ كما ضربها الطاعون في سنوات ١٣٤٤ و ١٣٤٨ و ١٣٥٢ و ١٣٦٢ و ١٣٩٩ و ١٤٠٩ و ١٤١١ و ١٤١٦ و ١٤٣٧ و ١٤٦٨ و ١٤٩١ و ١٥١١.
بين ظلم المماليك وقسوة الطبيعة أكمل أجدادنا درب الجلجلة متشبثين بارضهم وٳيمانهم حتى رحل المماليك.
المراجع:
بن شداد ,عز الدين محمد بن علي بن إبراهيم, تاريخ الملك الظاهر, باعتناء أحمد حطيط, دار مرانز شتاينر فسبادن,١٩٨٣
البطريرك الدويهي , تاريخ الطائفة المارونية
البطريرك الدويهي , تاريخ الازمنة
الدكتور الياس القطار , نيابة طرابلس في عهد المماليك ,بيروت ١٩٩٨
الدكتور محمد مؤنس عوض , الجغرافيون والرحالة المسلمون في بلاد الشام زمن الحروب الصليبية, جامعة عين شمس, ١٩٩٥